Planeta Tierra, 2019: Un inmenso asteroide acaba de chocar contra la superficie. El Gobierno de Corea del Norte ha cerrado el acceso a la isla, reclamando los posibles hallazgos del asteroide para su país. Los Estados Unidos han respondido enviando un cuerpo de elite denominado “Delta Force Operators” para hacer un reconocimiento de la situación e informar al Pentágono. Mientras la tensión va creciendo entre EE.UU. y Corea del Norte, el asteroide revienta de repente, revelando una sólida nave alienígena de 2 kilómetros de alto. La nave genera un inmenso campo de fuerza, congelando una gran parte de la isla y alterando de manera dramática el sistema climático. La invasión de la Tierra ha comenzado.

Ahora las 2 naciones rivales se han unido para detener a los aliens y salvar a la raza humana. La recién formada alianza contraataca para intentar derribar a los aliens invasores. Sin apenas esperanza de sobrevivir, el jugador deberá liderar un escuadrón de elite a través de una frondosa jungla tropical, paisajes totalmente helados, y finalmente introducirse en el corazón de la nave alienígena para enfrentarse a un revolucionario ataque en Gravedad Cero contra los aliens.

Crysis ofrecerá al jugador una sensación de total inmersión en la historia, en la cual tendrá que adaptar sus tácticas, su arsenal, su traje protector y su estilo de juego para sobrevivir y rechazar la invasión alienígena.